При прочих равных, ниндзя, конечно.

Боевые искусства без оружия, были направлены на эффективное противостояние до зубов вооружённым самураям и воинам. Ниндзюцу же добавляло умение "быть невидимым" и владение разными видами подручного и специального оружия.

Т.е. самурай обычно просто не увидел бы, когда ему настала крышка.